مرکز پژوهش‌های مجلس درباره اجرا نشدن قانون مدیریت خدمات کشوری نوشته است: مستثنا کردن برخی دستگاه‌های اجرایی مندرج در این قانون، عملاً زمینه را برای عدم اجرای قانون و یا خروج برخی دستگاه‌های اجرایی از دامنه شمول قانون فراهم کرد.
در مرحله اجرا بسیاری از شرکت‌های دولتی و دستگاه‌های اجرایی با این بهانه که قانون مناسب آنها نیست از اجرای آن شانه خالی کردند و مقررات خاص پرداخت خود را دارند.
مرکز پژوهش‌های مجلس در ادامه به مستثنا شدن متوالی دستگاه‌های مختلف از شمول قانون مدیریت خدمات کشوری از طریق لابی با دولت و مجلس انتقاد کرده و آورده است: برخی دستگاه‌های اجرایی نظیر سازمان پزشکی قانونی، سازمان انتقال خون، سازمان دامپزشکی و سازمان زندان‌ها بر اساس مصوبات مجلس شورای اسلامی از پرداخت‌های قابل توجهی حتی تا میزان سه برابر حقوق و مزایای دریافتی تحت عنوان فوق‌العاده جذب برخوردار شدند.
بند ب ماده ۲۰ قانون برنامه پنجم توسعه نیز بسیاری از کارمندان دستگاه‌های اجرایی مشمول قانون نظیر دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزشی و پژوهشی و صندوق رفاه دانشجویان را از شمول قانون مدیریت خدمات کشوری خارج کرد که طبیعتاً ضوابط پرداخت متفاوتی را اجرا می‌کنند.
کارکنان ستادی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و همچنین وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی نیز بر اساس مصوبه هیئت وزیران و شورای عالی انقلاب فرهنگی از شمول قوانین عمومی خارج شده‌اند.
در ادامه این روند نادرست، قوه قضائیه نیز با مصوبه‌ای که به استناد بند الف ماده ۵۰ قانون برنامه پنجم توسعه از هیئت وزیران گرفت، حقوق کارمندان خود را به میزان ۵۰ درصد افزایش داد.
وزارت کشور و نهاد ریاست جمهوری نیز بر اساس تصویب نامه هیئت وزیران حقوق کارمندان خود را تا ۳۵ درصد افزایش دادند. سازمان‌ها و نهادهای عمومی غیردولتی که بعضاً دارای وابستگی سازمانی و مالی به دولت هستند و عهده‌دار انجام امور حاکمیتی می‌باشند، غالباً از سازوکارهای بخش خصوصی تبعیت می‌کنند و وجوهی خارج از قاعده را به کارکنان و مدیران خود پرداخت می‌کنند نظیر سازمان تأمین اجتماعی که صاحبان اصلی منابع مالی آن کارگران و کارکنان کشور هستند.
اکنون نظام پرداخت در کشور به نظامی چندپاره تبدیل شده است که هر دستگاهی به اقتضای منابع مالی در اختیار، درآمدهای اختصاصی و توان جذب اعتبارات عمومی، با استفاده از سازوکارهای قانونی و حتی غیرقانونی به کارمندان خود حقوق و مزایا پرداخت می‌کند.
این موضوع سبب شده است کارکنان برخی دستگاه‌ها از دریافت‌های قابل توجهی برخوردار باشند و کارکنان برخی دستگاه‌های اجرایی نظیر وزارت آموزش و پرورش از حداقل‌های قانونی نیز بی‌بهره بمانند.
امری که در مغایرت آشکار با بند ۹ اصل سوم قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران است، زیرا موجب بروز تبعیضات ناروا و عدم برقراری امکانات عادلانه در بین جامعه کارکنان دولت شده است.
