سازمان مرکزی جامعه المصطفی در قم قرار دارد و بیش از ۱۷۰ واحد آموزشی، تربیتی و پژوهشی در  داخل و خارج کشور دارد. این واحدها در کشورهای اندونزی، انگلستان، لبنان، نروژ، نیجریه، هند و … و در داخل کشور در شهرهای قم، مشهد، اصفهان، قشم و گرگان فعال است.نمایندگی گرگان در سال ۱۳۷۵ گشایش یافت و ویژه اهل سنت است، به همین دلیل خاص‌ترین نمایندگی به شمار می‌رود.

مرکز امکانات مناسبی را برای رفاه، تربیت و آموزش افراد مجرد و متاهل فراهم کرده است، افزون بر کمک هزینه تحصیلی، دانش‌پژوهان مجرد از تسهیلات خوابگاه رایگان و خوراک نیم‌بها استفاده وافراد متاهل نیز، کمک هزینه ماهانه مسکن و مهدکودک برای فرزندان خود دریافت می‌کنند.

افراد پس از ثبت‌نام، دوره‌های کاردانی تا دکترا را زیرنظر مدرسان اهل سنت و شیعه از کشورهای مختلف سپری می‌کنند. اکنون ۲۵۰ دانش‌پژوه زن و مرد از ۲۰ ملیت گوناگون مانند آلمانی، نیجریایی، چینی، روس، تاجیک، افغان، ترک و … در آن مشغول تحصیل حوزوی می‌باشند.

آموزش زبان فارسی به عنوان زبان پایه در دوره‌ای ۶ تا یکساله صورت می‌گیرد تا دانش‌پژوهان برای نگارش مقالات علمی در سال‌های بعد، توانایی لازم را داشته باشند. آنها افزون بر درس‌های عمومی، ابتدا با فقه خود ( حنفی، مالکی، شافعی و …) آشنا می‌شوند و پس از آن دیگر فقه‌ها را می‌آموزند.